Дорожку чтоли под видео подогнать надо? На пальцах алгоритм такой:
1. Подгоняем новую дорожку под общий знаменатель частоты кадров видео. Тут вариантов может быть 3 - 23.978, 25, 29.997 (NTSC, реже встречается). Можно сделать в любом аудиоредакторе, типа Sony Soundforge, Adobe SoundBooth/Audition, предварительно выкусив дорожку из avi - тем же VirtualDubMod Streams - Stream List - Demux. Далее в аудиоредакторе растягиваем/сжимаем дорожку на отношение 25/23.978 или какое там надо.
2. Выкусываем оригинальную дорожку от видео и синхронизируем их по времени по какому-либо событию, которое можно увидеть в аудиоредакторе - хлопку там какому-то например.
3. С учетом сдвига прилепляем дорожку к исходному видео - тем же VD с Audio Skew.

Если дорожки AC3 или не дай Б-г, DTS - тут обычный аудиоредактор обломается, нужно демуксить в 6 wav и пробовать подогнать так. Besweet в помощь.
А если не критично avi - можно подогнать в mkv при помощи mkvmerge (mkvmergegui). Там сразу и сдвиг и сжатие/растяжение выставляется, субтитры там в контейнере, главы и вообще куча ништяков, которых в avi нет и не будет.

ЗЫ. ffdshow - это в данном случае декодер, причем универсальный. Кодек видео скорее всего DivX/XViD.