напрягает только чекдиск каждый раз при загрузке ОСи
Это следствие того, что том помечен как грязный
А том помечен как грязный в следствии ряда логических ошибок, которые обычно устраняет чекдиск.
И по какой то причине у вас он не устраняет их Хотя может быть стоит запустить 2-3 раза подряд (но лучше перед этим снять бекап!)


А вообще если смарт пока еще ОК и виктория дырок не нашла в поверхности, то переживания, что после чекдиска на выходе получится каша можно уменьшить. Это радует
По поводу того, что крашится чекдиск - опять же попробуйте из-под сервисного диска (ну или из-под доса, если у вас поддержка NTFS разделов настроена), т.к есть ряд антивирусников, которые перехватывают хуки системные до собственно загрузки основных служб и могут косячить чекдиск, особенно если случается такая странная штука, как прямое чтение с диска файла (характерно для вирусной активности)
В частности аваст любитель такие фортеля делать, идея хорошая, реализация говно.
Тоже будет крашится?

Хоспаде я тут бреда написал. Пойду спать. Надаюсь вы поймете в этом потоке слов, что я сказать хотел. Может с утра перепишу человечески