Для некоторых микросхем разница в корпусах подобных FBBGA и FCBGA и прочем отличается в "крышке" микросхем.
В одних случаях это тип c накрытой пластиковой крышкой сверху печатной платы с шариками, часто со скошенными уголками, в других случаях это полностью керамический корпус, еще может быть под металлической крышкой, с открытым полированным "кристаллом" + конденсаторы развязки.
Это связано с температурными режимами, скоростями и предназначением микросхем. Но так как микросхемы припаиваются там главное, чтоб они по распиновке совпадали.
Как выше отметили тут могут быть разные типы прижима процессору к сокету.