может падает веб-сервер (апач, нжингс или что там у тебя) и перезапускается кроном через какое-то время?
Либо named падает (или что там вместо днс-сервера). Можно проверить, если прописать у себя в hosts IP адрес для какого-то из доменов и в момент возникновения проблемы проверить.
А вообще, не стоит просто лезть туда, где не специалистНормальный админ найдет проблему, если она есть. Поставит сервер на доп. мониторинг и т.п.
Bookmarks