Да, получается, что именно мелкая месть.
Налоговая к работнику никаким боком, только к работодателю:

Частный предприниматель - плательщик единого налога, осуществляющий предпринимательскую деятельность с использованием наемных работников, должен в налоговом органе по месту своей регистрации на каждого работника получить Справку о трудовых отношениях физического лица с плательщиком единого налога (далее - Справка) в соответствии с п. 5 Порядка выдачи свидетельства об уплате единого налога, утвержденного приказом Государственной налоговой администрации Украины от 29.10.1999 г. № 599. В случае увольнения работника предприниматель должен вернуть Справку, иначе недоимка по единому налогу в размере 50% от ставки будет начисляться до тех пор, пока предприниматель не сообщит о таком увольнении. В случае потери справки доплата за наемного работника может быть прекращена только начиная со следующего квартала.
Так что можете смело говорить им, что идете в прокуратуру заявление писать (обычно таких слов достаточно, умные работодатели отдают трудовые книжки, ибо все равно отдать придется, да еще и среднемесячный заработок за то время, пока вы не могли устроиться на новую работу из-за отсутствия ТК).

Налоговая занимается налогами, но никак не трудовыми книжками.