В загсе проблем не должно быть т.к. ребенок имеет полное право взять двойную фамилию ))
единственное когда будет паспорт уже получать - если факт двойной фамилии не устроит будет возможность поменять или на фамилию папы или мамы ))
А тогда в проблеме с выпиской нужно было принести копию свидетельства о браке тогда и путаницы не было ))
Надеюсь с мамой и малышом все хорошо чего им желаю!!!